Po śmierci św. Franciszka (w 1226 r.) powstał między zakonnikami podział na dwie grupy. Pierwsza pragnęła zachować pierwotny radykalizm życia założyciela, należało do niej niewielu starszych wiekiem zakonników. Druga optowała za dostosowaniem funkcjonowania i działalności zakonu do ciągle wzrastającej liczby braci oraz do nowym zadań stawianych im przez Kościół. Tych była zdecydowana większość.

Ordo Fratrum Minorum – OFM

To napięcie załagodził generał św. Bonawentura z Bagnoreggio (1217-1274), określany drugim założycielem zakonu. Pod koniec XIII w. franciszkanie mieli klasztory w wielu krajach europejskich, a ich liczba przekroczyła 30 tys. Wówczas w zakonie pojawił się kolejny ruch reformatorski, tzw. Spirytuałowie. To oni zapoczątkowali tzw. obserwację, czyli ruch ścisłego przestrzegania reguły. Ruch ten w połowie XV w. znalazł wielkiego protektora w osobie św. Bernardyna ze Sieny (1380-1444), wikariusza generalnego zakonu.

W 1517 r. papież Leon X zwołał w Rzymie kapitułę wszystkich franciszkanów, zarówno obserwantów, jak i tych, którzy stanowili trzon zakonu – konwentualnych, którzy sprawowali nad obserwantami formalną władzę. Do 1517 r. zakon miał jednego generała, był nim zawsze franciszkanin z głównego nurtu (konwentualnych).

Na tej kapitule obserwanci otrzymali niezależność, zostali nazwani Braćmi Mniejszymi Regularnej Obserwy, została im powierzona pieczęć zakonu. Ta decyzja papieża stanowiła formalny podział zakonu na dwa autonomiczne zakony: Braci Mniejszych Konwentualnych i Braci Mniejszych Obserwantów. Od tej pory każdy zakon wybierał własnego generała.

W kolejnych latach w zakonie obserwantów tworzyły się nowe odłamy: reformaci, alkantaryści, rekolektanci, bracia tzw. „małej reformy”. W 1897 r. papież Leon XIII połączył wszystkie te odłamy w jeden zakon o nazwie Zakon Braci Mniejszych.

Obecny następca św. Franciszka – o. Michael Perry ofm

W XVI wieku wśród kolejnych ruchów reformatorskich wyłoniła się frakcja Mateusza z Bascio, co zapoczątkowało powstanie trzeciego zakonu franciszkanów. Ten odłam miał wsparcie i formalną opiekę w zakonie konwentualnych. W 1528 r. papież Klemens VII wydał zgodę na powstanie nowego Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów, oficjalnie został zatwierdzony w 1619r.